A l'échelle nationale comme locale, l'épidémie de Covid-19 aura provoqué "une vraie prise de conscience que nous n'étions pas préparés au mieux pour réagir rapidement aux menaces épidémiques", constate Manuel Rosa-Calatrava, directeur de recherche Inserm et co-directeur du Laboratoire VirPath.

Pour tenter d'y remédier, l'Institut des Sciences Biologiques du CNRS a donc décidé de créer une infrastructure nationale, réunissant des virologues et des chercheurs avec des expertises et des modèles très complémentaires.

Appelée ViroCrib, elle rassemble désormais plusieurs structures : l'équipe Virologie moléculaire et cellulaire du Centre d'infection et d'immunité de Lille, le Centre d'étude des maladies infectieuses et pharmacologie anti-infectieuse de Montpellier, l'Institut de médecine régénératrice et de biothérapie de Montpellier mais aussi l'équipe VirPath du Centre international de recherche en infectiologie de Lyon.

Cette dernière, déjà installée à Lyon, se positionnait déjà comme un laboratoire de recherche académique spécialisé dans l'étude de virus respiratoires, notamment la grippe et le Sars-Cov-2.

"Nous avons isolé des premières souches Sars-Cov-2 une semaine après l'Institut Pasteur de Paris et nous avons été les premiers au monde à montrer des images de microscopie électronique du virus", souligne Manuel Rosa-Calatrava au laboratoire VirPath.

Il a notamment contribué à démontrer l'inefficacité de l'hydroxychloroquine dans le traitement du Covid et travaillé sur le repositionnement de médicaments. "Nous avons par exemple évalué plusieurs centaines de molécules et publié 25 articles de recherche sur le Sars-Cov-2. Nous avons aussi déposé un brevet pour protéger des molécules", poursuit-il.

Se préparer à de futurs pandémies

A travers ViroCrib, le laboratoire lyonnais VirPath se voit désormais associé à d'autres chercheurs :

"L'équipe de Lille peut effectuer un criblage haut débit de molécules d'intérêt, tandis que Montpellier peut réaliser un criblage moyen débit. De notre côté, nous avons des modèles d'épithélium respiratoire humain reconstitué et des modèles animaux nous permettant d'évaluer les molécules identifiées par les deux autres", détaille Manuel Rosa-Calatrava.

L'objectif de ViroCrib ? Mettre désormais en synergie des laboratoires, des équipements, des outils, pour accélérer l'identification de molécules anti-virales et accélérer leur transfert vers les études cliniques. Le tout, afin d'être mieux préparés à l'apparition de virus pandémiques, qui risquent d'être de plus en plus fréquents.

"La mise en contact de plus en plus régulière des humains avec les virus de la faune et l'élevage intensif facilitent le franchissement de la barrière d'espèces de ces virus vers l'homme. Nous allons être confrontés de plus en plus à des virus respiratoires émergents et ré-émergents", met en garde le spécialiste.

Des virus respirateurs aux arbovirus

ViroCrib étudiera donc en priorité les virus respiratoires qui représentent une menace mondiale récurrente, comme le SARS-CoV-2 et les coronavirus en général, les virus de la grippe (H1N1 et H3N2 en particulier), les pneumovirus, et éventuellement d'autres virus pathogènes non respiratoires, transmis par des arthropodes, comme les Arbovirus.

"L'idée à notre échelle, en France, est de créer les fondations de cette première infrastructure. Nous allons être amenés à intégrer d'autres équipes pour avoir une force de réaction rapide", prévoit Manuel Rosa-Calatrava.

ViroCrib a déjà reçu un premier financement du ministère de la recherche de 1,5 million d'euros pour démarrer. "Cela nous permet d'avoir une visibilité au moins de 18 mois et les équipes fondatrices ont pu recruter chacune du personnel supplémentaire", apprécie-t-il.

Pour lui, cette structure se veut particulièrement innovante en France. "Cela n'existait pas avant. La même initiative va être lancée par l'Institut de chimie au sein du CNRS avec le projet GAVO, qui permettra la création d'un consortium d'équipes de chimie qui vont créer de nouvelles molécules que nous pourrons évaluer dans le cadre de ViroCrib", ajoute-t-il.

Avec l'ambition, à terme, de rassembler "10 à 15 équipes qui pourront avoir une force de réaction rapide".