Diplômée de troisième cycle en sciences économiques et de gestion, Valérie Genoud a débuté sa carrière dans le domaine de la formation professionnelle à la Caisse des dépôts et consignations après s'être spécialisée en management et ressources humaines.

Son parcours professionnel s'est ensuite poursuivi au sein du régime spécial de sécurité sociale dans les mines, où elle a exercé différentes fonctions d'encadrement supérieur, notamment dans la gestion de projets inter-régimes stratégiques.

En 2009, Valérie Genoud est nommée directrice adjointe de la Caisse nationale d'assurance maladie du régime minier, avant de rejoindre l'Agence régionale de santé Rhône-Alpes au 1er janvier 2015.